Vor ungefähr 10.000 Jahren wanderten eingeborene Malaien (sogenannte Orang Asli) von Südwestchina aus entlang der Malaiischen Halbinsel Richtung Süden. Die Halbinsel kam unter die Herrschaft des Funan-Reiches in Kambodscha, des Sri-Vijaya-Imperiums auf Sumatra und des Majapahit-Reiches auf Java, bevor die Chinesen 1405 in Melaka landeten. Der islamische Glaube erreichte Melaka ungefähr zur selben Zeit und breitete sich schnell aus. Der Reichtum Melakas zog schon bald das Interesse der europäischen Staaten auf sich: Die Portugiesen ergriffen 1511 die Macht, die Holländer folgten 1641. Im Jahr 1786 errichteten die Briten in Penang einen florierenden Hafen und übernahmen 1795 auch Melaka.
Die Briten trieben Handel mit Gewürzen und entdeckten im Zuge der Kolonisierung der inneren Halbinsel Zinnvorkommen. Durch die Anstrengungen des Abenteurers Sir James Brooke (der 1841 zum Raja von Sarawak gemacht wurde, nachdem er eine Revolte gegen den Sultan von Brunei niedergeschlagen hatte) und der North Borneo Company (die Sabah ab 1882 verwaltete) übernahmen die Briten die Kontrolle in Ost-Malaysia. Im Verlauf des 19. Jahrhunderts wurden nach und nach die Föderierten Malaiischen Staaten gegründet.
Das Mosaik Malaysias wurde letztlich vollendet, als Großbritannien nach dem Zweiten Weltkrieg formal die Kontrolle über Sabah und Sarawak übernahm. Die Versorgung durch einheimische Arbeitskräfte reichte für die Anforderungen des Aufbaus einer Gummi- und Zinnindustrie nicht aus, daher brachten die Briten große Zahlen indischer Arbeiter ins Land und veränderten dadurch die Rassenzusammensetzung nachhaltig.
Im Zweiten Weltkrieg wurde Malaya von den Japanern überrannt. Die kommunistischen Partisanen, die während der Besatzungszeit gegen die Japaner gekämpft hatten, begannen 1948 bewaffneten Widerstand gegen die britische Herrschaft zu leisten. Malaya erreichte 1957 schließlich die Unabhängigkeit. Sabah, Sarawak, Singapur und Malaya gründeten im Jahre 1963 Malaysia, zwei Jahre später jedoch wurde Singapur aus der Föderation ausgeschlossen. Die Philippinen und Indonesien lehnten die Gründung Malaysias ab, da beide Nationen Gebietsansprüche an Ost-Malaysia stellten.
Die Spannungen gipfelten in der „Konfrontation“ mit Indonesien im Jahre 1963. Indonesische Truppen überschritten Malaysias Grenze, wurden jedoch von den malaysischen und britischen Streitkräften zurückgeschlagen. Im Jahr 1969 kam es zu Unruhen zwischen den Malaysiern und Chinesen, obwohl die verschiedenen ethnischen Gruppen später relativ friedlich miteinander leben konnten. Die United Malays National Organisation (UMNO) ist seit 1974 an der Macht und Premierminister Dr. Mahathir Mohamad war von Anfang an bestrebt, seinen Einfluss auf der weltpolitischen Bühne als panasiatisches Staatsoberhaupt geltend zu machen. Er führte bis 1997 eine wirtschaftlich florierende Nation an, als die plötzlich sinkenden asiatischen Währungen den Ringgit mit nach unten rissen.
Im September 1998 war Malaysia Veranstalter der Commonwealth Games, doch die erhoffte Werbewirkung der Spiele wurde durch Proteste von Studenten und Bürgern gegen die ungerechtfertigte Entlassung und spätere Inhaftierung des stellvertretenden Premierministers Anwar Ibrahim zunichtegemacht. Andauernde Demonstrationen, in denen der Rücktritt Dr. Mahatir Mohamads gefordert wurde, setzten Malaysias Ruf als einen der politisch stabilsten Staaten Südostasiens zu. Zu Beginn des 21. Jahrhunderts waren die politischen Proteste verebbt und die malaysische Wirtschaft hatte sich mühsam erholt. Dr. Mahathir Mohamad blieb bis hin zu seinem Ausscheiden aus dem Amt eine kontroverse Figur. Kurz vor seinem Abtreten im Oktober 2003, nachdem er bereits 20 Jahre an der Spitze des Staates gestanden hatte, mahnte der Premierminister die Vertreter mehrerer islamischer Nationen, die zu einem Treffen in Malaysia geladen waren, sich gegen eine angebliche weltweite jüdische Verschwörung zusammenzutun. Sein Nachfolger, Abdullah Ahmad Badawi, gewann im März 2004 die Wahl mit einem Erdrutschsieg. Im August 2004 bestätigte der Oberste Gerichtshof die Anfechtung des Urteils gegen den früheren stellvertretenden Premierminister Anwar Ibrahim und ließ ihn frei.
Durch die Insel Sumatra geschützt gelegen wurde Malaysia bei der Tsunamikatastrophe im Dezember 2004 lediglich von der sekundären Welle getroffen, die eine Geschwindigkeit von 160km/h erreichte (die primäre Welle im Vergleich erreichte hingegen eine Geschwindigkeit von 800km/h). Das Unglück forderte 68 Menschenleben und verursachte 25 Millionen US$ Sachschaden. Zu den betroffenen Gebieten zählen Penang und Langkawi sowie Teile des Festlands in den Staaten Kedah, Perlis und Perak. In den Urlaubsorten Penang und Langkawi verliefen die Reinigungsarbeiten schnell und effizient und sämtliche Hotels erreichten innerhalb von nur zwei Wochen nach dem Ereignis wieder volle Betriebsfähigkeit.
Im März 2006 gab Abdullah einen neuen Fünfjahresplan für Malaysia bekannt. Seit Erreichen der Unabhängigkeit ist dies das neunte Programm dieser Art, in dem wirtschaftliche und soziale Vorhaben festlegt sind. Aus diesem Grund ist der Plan gemeinhin unter der Abkürzung „9MP“ bekannt. Anders als Mahathirs frühere Pläne – sie wurden häufig als „Wawasan 2020“ (zu Deutsch: Vision 2020) bezeichnet und konzentrierten sich auf größere Bau- und Industrieprojekte – ist der 9MP darauf ausgelegt, die Überwindung der Bildungskrise in Malaysia in Angriff zu nehmen. Seit seiner Entlassung aus dem Gefängnis hat Anwar ständig daran gearbeitet, seine politische Plattform neu aufzubauen. Er wurde jedoch bis 2008 von jeder Teilnahme an politischen Wahlen ausgeschlossen. Aus diesem Grund und aufgrund der Möglichkeit, aus der sich im Zuge der im August 2007 stattfindenden Feierlichkeiten zur 50jährigen Unabhängigkeit Malaysias (Merdeka) unweigerlich breitmachenden positiven Atmosphäre Nutzen zu schlagen, steht zu erwarten, dass Abdullah die nächsten Wahlen für Ende 2007 ansetzt, obwohl er dies erst 2009 tun müsste.
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