Malaysian Airline System (MAS) ist die nationale Fluggesellschaft und bedient sowohl Westmalaysia als auch Sabah und Sarawak. Die Flugpreise halten sich im Rahmen, aber es ist nicht notwendig, innerhalb der malaiischen Halbinsel zu fliegen, sofern man es nicht wirklich eilig hat. Nach Ostmalaysia gelangt man am günstigsten ab Johor Bahru. Dort ist Fliegen oft die einzige Möglichkeit, in abgelegene Gebiete im Landesinneren zu gelangen. Diese Flüge mit kleinen Maschinen sind vor allem während der Schulferien oft ausgebucht und auf Grund des wechselhaften Wetters unzuverlässig.
Auf der malaiischen Halbinsel stellt das effiziente, gut ausgebaute Busnetz die beste Art zu reisen dar. In Sabah verkehren Minibusse und entlang der Hauptrouten auch Überlandbusse. In Sarawak bestehen regelmäßige Busverbindungen zwischen Kuching und Miri. Über die Halbinsel führen zwei Eisenbahnlinien, die Hauptstrecke verläuft von Singapur über Kuala Lumpur und Butterworth, die so genannte Dschungeleisenbahn zweigt in Gemas ab und verläuft in Richtung Nordosten nach Kota Bharu. Die Züge sind relativ bequem und billig. Leider funktionieren nur die beiden Linien Singapur-Kuala Lumpur-Butterworth oder Gemas-Kota Bharu. In Sabah lohnt eine Fahrt mit der Schmalspureisenbahn zwischen Tenom und Kota Kinabalu durch die Schlucht des Padas River.
Überlandtaxis sind in Westmalaysia eine vergleichsweise luxuriöse, jedoch erschwingliche und effiziente Art zu reisen, sie kosten etwa das Doppelte wie Busse. Alle großen Autovermietungen haben Niederlassungen in Kuala Lumpur. Zwischen West- und Ostmalaysia gibt es keine Schiffsverbindungen. Auf den Flüssen Sarawaks verkehren im regelmäßigen Liniendienst klimatisierte Schnellboote.
Nur in Kuala Lumpur sind Taxis mit Taxameter ausgestattet. Rikschas sind aus der Hauptstadt verschwunden, während sie in Penang und in der Provinz immer noch häufig anzutreffen sind. Das öffentliche Verkehrsnetz von Kuala Lumpur hat durch die Hochbahn LRT und die Verbannung der Luft verpestenden Minibusse an Qualität gewonnen. Dennoch sollte man vermeiden, zu den Stoßzeiten mit dem Auto oder Bus unterwegs zu sein.
Im Juni 1998 wurde in Sepang, 50 km südlich von Kuala Lumpur, Malaysias neuer internationaler Flughafen KLIA eröffnet. Die meisten Touristen kommen entweder hier an oder reisen über Land aus Thailand oder Singapur ein. Zudem bestehen internationale Flugverbindungen nach Penang, Johor Bharu, Kuching und Kota Kinabalu. Von Tawau in Sabah gibt es Flüge nach Kalimantan, dem indonesischen Teil Borneos.
Fünf Straßen führen nach Thailand, drei an der Westküste, eine im Zentrum und eine an der Ostküste. An der Westküste stellt zudem die Bahn eine gute Verbindung her. Nach Singapur gelangt man von Johor Bahru über den Straßendamm (Causeway), die Straßenbrücke (2nd Link) im Westen, mit Fähren von der Ostküste oder mit dem Zug. Nach Indonesien verkehren Fähren von Penang nach Medan, von Melaka nach Dumai, von Tanjung Belungkor (bei Johor Bharu) nach Pulau Batam und von Tawau nach Tarakan (Kalimantan). Zwischen Kuching (Sarawak) und Pontianak (Kalimantan) besteht zudem eine Busverbindung.
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