Von den vier Hauptinseln zu den kleineren Inseln gelangt man am besten per Flugzeug, was oftmals nicht viel teurer ist als die Bahnfahrt. Man sollte nachfragen, ob man für irgendwelche Ermäßigungen in Frage kommt - es gibt einige kuriose, tolle Angebote (JAL bietet z.B. Preisnachlässe für drei oder mehr zusammen reisende Frauen oder für ein Ehepaar, wenn das Alter von Ehemann und -frau zusammen 88 oder mehr ergibt). Die Bahn ist das Fortbewegungsmittel in Japan. Die Züge sind schnell, sauber, bequem, verkehren häufig - und sind oft sehr teuer. Das Angebot reicht von kleinen Lokalbahnen bis zu den Shinkansen-Superexpresszügen, die ein Symbol des modernen Japans geworden sind. Der Shinkansen erreicht eine Geschwindigkeit von bis zu 270 km/h, ist auf beinahe unheimliche Weise effizient und kann mit einem der wenigen Reiseschnäppchen Japans, dem Railpass, benutzt werden. Der Railpass muss bereits vor Antritt der Reise außerhalb Japans erworben werden und gilt für fast alle Züge von Japan Rail (JR). Fernbusse sind in der Regel langsamer als Züge, aber bedeutend billiger. Außerdem kann ein zurücklehnbarer Sitz in einem Bus bei einer Nachtfahrt angenehmer sein als ein steifer Sitzplatz im Zug (sofern man keinen Schlafwagen gebucht hat).
In Japan Auto zu fahren ist nicht so schlimm, wie es manchmal dargestellt wird, auch wenn Linksverkehr herrscht. In Tokio empfiehlt es sich zwar nicht, sich ans Steuer zu setzen, aber andernorts sind die Straßen recht gut in Englisch ausgewiesen, die Autofahrer sind meistens rücksichtsvoll und vorsichtig, Benzin ist nicht teurer als in Europa und einen Parkplatz zu finden ist nicht so schwierig, wie moderne Mythen glauben machen. Motorrad zu fahren kann eine großartige Möglichkeit sein, in Japan herumzureisen. 50cc-Leichtkrafträder mit Kickstarter sind oft für das lokale Sightseeing verfügbar und man benötigt keinen Motorradführerschein, um sie zu fahren.
Japan per Fahrrad zu erkunden ist überhaupt kein Problem. Das Geheimnis einer vergnüglichen Tour besteht darin, sich von den Autobahnen fern zu halten und auf weniger stark befahrene Strecken auszuweichen. Fähren eignen sich hervorragend dafür, Ecken von Japan zu sehen, die man ansonsten vielleicht verpassen würde. Das dichteste Netz an Fährstrecken verbindet Kyushu, Shikoku und die Südküste von West-Honshu über die Inlandsee hinweg. Fähren verbinden auch die Hauptinseln mit den vielen kleineren Inseln vor der Küste und jenen, die sich bis nach Okinawa hinunter und noch weiter Richtung Taiwan erstrecken.
Das Nahverkehrsnetz ist sehr gut ausgebaut. Die größten Städte haben U-Bahnen, mit denen man am schnellsten und bequemsten ans Ziel kommt. Fast jede japanische Stadt hat ein Busnetz, aber es ist in der Regel für Ausländer am schwierigsten zu nutzen. Straßenbahnen, die in einigen wenigen Städten verkehren, sind leichter zu benutzen. Taxis sind bequem, aber (welche Überraschung!) teuer.
Es gibt von überall her Flüge nach Japan, gewöhnlich nach Tokio, aber auch zu einer Reihe anderer japanischer Flughäfen. Man sollte in Erwägung ziehen, nicht an Tokios unpersönlichem Narita Airport anzukommen - er kann eine unerfreuliche und ermüdende Einführung in das Land sein. Alternativ zum Flugzeug gibt es ein paar Schiffsverbindungen zwischen Japan und Südkorea. Die billigste ist die Fähre zwischen Shimonoseki und Pusan, die jede Nacht in beiden Richtungen das Japanische Meer überquert. Zwischen Fukuoka und Pusan verkehrt sowohl ein superschnelles (3 Std.) Luftkissenboot als auch eine Fähre (15 Std.). Nach China gibt es Fährverbindungen zwischen Shanghai und Osaka, Kobe sowie Nagasaki, außerdem eine wöchentliche Fähre von Kobe nach Tanggu (nahe Tianjin). Nach Taiwan gelangt man mit der einmal wöchentlich verkehrenden Fähre von Okinawa. Reisende, die beabsichtigen, mit der transsibirischen Eisenbahn bis Moskau zu fahren, können den wöchentlichen Fährdienst zwischen Yokohama und dem russischen Hafen von Wladiwostok in Anspruch nehmen.
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