Es wird allgemein angenommen, dass die frühesten Einwohner des indonesischen Archipels aus Indien oder Burma stammten. 1890 wurden in Ost-Java die 500.000 Jahre alten Fossilien des Java-Menschen (Homo erectus)gefunden. Spätere Einwanderer (Malaien) kamen um 3.000 v. Chr. aus Südchina und Indochina und begannen, den Archipel zu besiedeln. Mächtige Königreiche wie das buddhistische Srivijaya und das hinduistische Mataram entstanden in Java und Sumatra gegen Ende des 7. Jahrhunderts n. Chr. Das letzte der großen Hindu-Königreiche war das der Majapahit, das im 13. Jahrhundert gegründet wurde. Die Verbreitung des Islam im 14. Jahrhundert zwang die Majapahit jedoch im 15. Jahrhundert zum Rückzug auf die Insel Bali.
Zu dieser Zeit war in Melaka (Malakka) auf der malaiischen Halbinsel bereits ein mächtiges islamisches Reich entstanden. Sein Einfluss war hingegen nur kurzlebig und 1511 fiel es an die Portugiesen. Bald darauf traten die Niederländer die Herrschaft an und machten sich auf, das Landesinnere zu erobern. Die Niederländische Ostindien-Kompanie mit Sitz in Batavia (Jakarta) dominierte den Gewürzhandel. Gegen Mitte des 18. Jahrhunderts, als sie den Höhepunkt ihrer Macht bereits überschritten hatte, übernahm die Kompanie die Kontrolle über Java. Die Niederländer übernahmen die Herrschaft im frühen 19. Jahrhundert und im 20. Jahrhundert kontrollierten sie den ganzen Archipel einschließlich Aceh und Bali.
Aufkeimender Nationalismus und die japanische Besatzung im 2. Weltkrieg trugen zur Schwächung der niederländischen Herrschaft bei und schließlich wurde 1939 die Hoheitsgewalt einer neuen indonesischen Republik übertragen. Achmed Sukarno, der führende Verfechter der Eigenregierung seit Beginn der 1920er Jahre, wurde Präsident. 1957, nach einer Periode führungsloser parlamentarischer Demokratie, überwarf Sukarno das Parlament, erklärte das Kriegsrecht und führte ein weitgehend autoritäres Regime ein, das er beschönigend als "Geführte Demokratie" bezeichnete. Nach der Machtübernahme begab Sukarno sich daran - wie viele andere militärische Machthaber seines Schlages - seine Macht durch den Bau von Monumenten und die Sozialisierung der Wirtschaft zu konsolidieren. Paradoxerweise wurde hierdurch die Kluft zwischen Arm und Reich verstärkt und große Bevölkerungsteile wurden an den Rand der Hungersnot gedrängt. Rebellionen brachen in Sumatra und Sulawesi aus. Malaysia und Indonesien gerieten gefährlich nah an den Rand einer unbeschränkten Konfrontation; die allgemeine Situation des Landes war äußerst labil. Die Spannungen erreichten ihren Höhepunkt im Jahr 1965, wie in dem Film Year Of Living Dangerously (Ein Jahr in der Hölle) anschaulich dargestellt wird, als ein Putschversuch (einer angeblich kommunistischen Gruppe) Sukarnos Macht gefährdete.
Sukarno gewann die Schlacht, aber er verlor den Krieg, als General Suharto - der Mann, der den Putsch niedergeschlagen hatte - ihm 1966 die Präsidentschaft entriss. Suharto begann seine "Amtszeit" mit der Absicht politischer Rekonstruktion, aber die Versprechen von wirtschaftlichen Reformen und größerer Transparenz arteten schnell wieder in Nepotismus, Vetternwirtschaft und fabelhafte Verschwendung aus. Die brutalen Massaker an Unabhängigkeitskämpfern in Dilli, Ost-Timor, im Jahr 1975, legten Zeugnis davon ab, dass die schönen Versprechungen nicht mehr als Rhetorik waren. Im März 1998 war die Kluft zwischen Suharto und seinem Volk enorm gewachsen; vielleicht war er sich dessen bewusst, denn er "gewährte" sich nur noch fünf weitere Jahre im Amt. Aber so weit kam es nicht mehr. Der bodenlose Fall der Wirtschaft und die Unruhen erzwangen im Mai des selben Jahres seinen Rücktritt. Die Nachfolge trat sein Vizepräsident B. J. Habibie an.
Habibie, der nie wirklich populär gewesen war, formulierte ähnliche Reformversprechen und schien sogar willens, die Unabhängigkeit für Ost-Timor in Betracht zu ziehen, aber dafür war es schon zu spät. Die kompromisslose Haltung Ost-Timors löste eine Kettenreaktion aus. Sektiererische Gewalt, Studentenproteste und der ständig lauter werdende Ruf nach Unabhängigkeit verbreiteten sich wie ein Lauffeuer über Ambon, Kalimantan und Papua. Nachdem die Bevölkerung von Ost-Timor 1999 in überwältigender Mehrheit für die Unabhängigkeit gestimmt hatte, übten gewalttätige Milizen Terrorgewalt aus - es wird weithin angenommen wird, dass sie von indonesischem Militär finanziert und ausgerüstet wurden. Militärs und örtliche Polizeikräfte wurden ausgesandt, um andere Rebellionsherde zu unterdrücken. Protestierende Studenten wurden auf den Straßen getötet und das ganze Land versank im Chaos.
UN-Friedenstruppen brachten Stabilität nach Ost-Timor, erregten aber den Zorn Indonesiens über die "Einmischung in innere Angelegenheiten". Als sich die Gemüter schließlich wieder beruhigten, hatten die Ost-Timoresen in den rauchenden Trümmern ihres Landes die Unabhängigkeit erlangt. Bald danach wurde Abdurrahman Wahid zum ersten demokratisch gewählten Präsidenten Indonesiens. Jedoch am 23. Juli 2001 hatte er das Vertrauen des Parlaments verloren und wurde durch die unergründliche Megawati Sukarnoputri ersetzt.
Indonesien hat mit zahlreichen Konflikten zu kämpfen: steigender islamischer Extremismus, militärische Subordination, behördliche Korruption, eine noch unerfahrene, zerbrechliche Demokratie und zahlreiche separatistische Bewegungen, die das Land zu zerreißen drohen. Am 12. Oktober 2002 wurden 200 Menschen in einem Bombenattentat auf Bali getötet, das gegen westliche Touristen gerichtet war. Das Attentat wurde von einer mit Al-Qaeda in Verbindung stehenden Extremistengruppe verübt.
Religiöse Gewalttätigkeit plagt auch die Molukken, wo Christen und Moslems im Februar 2002 eine kurzlebige Friedensvereinbarung trafen. Im April 2002 massakrierten maskierte Männer 14 christliche Dorfbewohner. Seit Januar 1999 haben Kämpfe zwischen Christen und Moslems mehr als 6000 Menschenleben gekostet. In Irian Jaya und Aceh kämpfen Guerillas seit Jahrzehnten für die Unabhängigkeit von Jakarta.
Die Präsidentschaft Megawati Sukarnoputris verdient Anerkennung für die Wiederherstellung der gesellschaftlichen und wirtschaftlichen Stabilität, galt aber weitgehend als ineffizient im Kampf gegen die grassierende, institutionelle Korruption. Im September 2004 nahmen 80% aller Indonesier zum ersten Mal an der Direktwahl des Präsidenten teil. Der charismatische frühere General Susilo Bambang Yudhoyono (kurz SBY) - der gelegentlich auch mal ein Liedchen intoniert und über einen betriebswirtschaftlichen Abschluss von einer amerikanischen Universität verfügt - gewann mit deutlichem Vorsprung.
Indonesien ist das Land, das dem Epizentrum des Erdbebens und dem anschließenden Tsunami im Dezember 2004 am stärksten ausgesetzt war und hat die schwersten Zerstörungen und die größte Anzahl von Todesopfern erlitten. Es wird geschätzt, dass über 128.000 Menschen bei dem Tsunami zu Tode kamen und etwa 500.000 obdachlos wurden, die meisten davon in Aceh und Nord-Sumatra. Massive nationale und internationale Hilfsaktionen sind gestartet worden und die zerstörten Gebieten werden langsam wieder aufgebaut.
Aber auch andere Naturkatastrophen stellen die Widerstandskraft der Indonesier auf eine harte Probe. Ein verheerendes Erdbeben in Java in der Nähe der Stadt Yogyakarta verursachte im Mai 2006 tausende von Opfern; ein weiteres Erdbeben vor der Küste löste einen neuen Tsunami aus, der West-Java überflutete und das Gebiet um Pangandaran zerstörte. Und ein Schlammvulkan, der durch Gasbohrungen ausgelöst wurde, vertreibt weiterhin durch Schlammausbrüche tausende von Menschen in Surabaya aus ihren Häusern.
Seit Beginn seiner Amtszeit hat SBY den Kampf gegen die Korruption und den wachsenden islamischen Fundamentalismus zur Priorität seiner Regierung gemacht. Abgesehen von diesen Kampagnen war sein bisher größter innenpolitischer Erfolg die friedliche Beilegung des Aceh-Konflikts nach schwierigen Verhandlungen und Jahrzehnten blutiger Auseinandersetzungen. Aber nach Ansicht von Experten kann die Haftentlassung des radikalen Moslemklerikers Abu Bakar Ba'asyr, der in das Bombenattentat von Bali im Jahr 2002 verwickelt war, dem Präsidenten noch einiges Kopfzerbrechen bereiten. Die Vorlage eines Pornographie-Gesetzes durch islamische Parteien im Parlament ließ die Kluft zwischen den säkularen und religiösen Kräften in der indonesischen Politik klar erkennen. Die Gesetzesvorlage forderte Beschränkungen sozusagen für alles, was von einem Kuss in der Öffentlichkeit bis zu den halbnackten traditionellen Tänzen Indonesiens reichte und wurde schließlich in einer stark veränderten Form verabschiedet. Präsident Yudhoyono wird seine gesamte Überzeugungskraft und viel politisches Geschick brauchen, um die vielen Stimmen seines riesigen Staates zur harmonischen Zusammenarbeit zu bewegen.
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